Durante los 6 años de duración del proyecto se han estudiado 10 grandes áreas marinas de las regiones atlántica, mediterránea y macaronésica, cumpliendo con el objetivo de evaluar y proponer su designación como Lugares de Importancia Comunitaria (LIC) de la Red Natura 2000: Sistema de cañones submarinos de Avilés, Banco de Galicia, volcanes de fango del Golfo de Cádiz, Sur de Almería-Seco de los Olivos, Espacio marino de Alborán, Espacio marino de Illes Columbretes, Sistema de cañones submarinos occidentales del Golfo de León, Canal de Menorca, Banco de la Concepción y, Espacio marino del oriente y sur de Lanzarote-Fuerteventura.
La selección de las 10 áreas de estudio con una superficie de casi 5 millones de hectáreas se hizo en base a su amplia representación biogeográfica, a la presencia de especies y hábitats vulnerables y/o amenazados presentes en los anexos de las Directivas de Hábitats y Aves, y a la existencia de áreas de alto valor ecológico en un estado de conservación aceptable.
Asimismo, se ha continuado con el trabajo realizado por el proyecto LIFE IBA marinas (LIFE04NAT/ES/000049) por el que SEO/BirdLife y el Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente habían identificado las principales Áreas Importantes para la Aves (IBA) en el medio marino del país. En el trascurso de INDEMARES se han confirmado los valores ornitológicos de 39 espacios por lo que se han declarado como Zonas de Especial Protección para las Aves.
Las zonas declaradas en el proyecto han incrementado la superficie marina protegida en España desde menos de un 1 hasta más del 8%, contribuyendo de esta forma a avanzar en el objetivo del Convenio sobre la Diversidad Biológica de proteger el 10% de las regiones marinas en el año 2020.